Kooperationspartner und Projektkooperationen

InSiGHT

Die International Society for Gastrointestinal Hereditary Tumours (InSiGHT) ist eine internationale multidisziplinäre, wissenschaftliche Organisation. Ihre Aufgabe ist es, die Qualität der Versorgung von Patienten und Familien mit erblich bedingten Erkrankungen, die zu Magen-Darm-Tumoren führen können, zu verbessern.

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Varianten-Interpretations-Komitee (VIC) der International Society for Gastrointestinal Hereditary Tumours (InSiGHT)

Die Internationale Gesellschaft für gastrointestinale, hereditäre Tumoure (InSiGHT) ist ein weltweiter Zusammenschluß von Wissenschaftlern, die im Rahmen des VIC (Koordination Prof. E. Holinski-Feder) zur Klassifikation von Varianten sowohl publizierte als auch nicht publizierte Daten sammeln. Bei den nicht-publizierten Daten handelt es vor allem um klinische und histopathologische Daten sowie Daten aus Segregationsanalysen der hier kooperierenden Experten. Unter Berücksichtigung der publizierten Daten erfolgt eine Reklassifizierung entsprechend des InSiGHT classification rules, diese Ergebnisse werden dann in der LOVD hinterlget.  Auf diesem Wege der Datenkuration soll die Datenqualität der LOVD für die MMR-Gene LOVD-Datenbank optimiert werden. Dabei werden auch die Leitlinien der Klassifikation von Varianten immer wieder überarbeitet und angepasst.

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Human Variome Projekt

Das Human Variome Projekt (HVP) ist eine globale Initiative, geründet von Richard Cotton (AUS), in der die Daten zu Sequenzvarianten im Hinblick auf ihre medizinische Bedeutung gesammelt und dokumentiert werden. In dieser Initiative wurden 571 genspezifische Datenbanken implementiert. Heute ist diese Initiative Teil des Humanen Genomprojektes. Neben der Dokumentation gehört auch die Kuration der Datenbanken zu diesem Projekt. Hierzu gehören vor allem auch Fortbildungen zur Varianten Interpretation.

  • Im Rahmen des HVP wurde der „Variant Effect Prediction Training Course“ etabliert. Der Kurs soll regelmäßig angeboten werden. Hier sind Mitarbeiter des MGZ im Organisationsteam und nehmen mit Vorträgen und Workshops aktiv an der Veranstaltung teil.

  • Mitarbeiter des MGZ sind darüber hinaus Teil des „Scientific Programm Committee“ des alle zwei Jahre angebotenen „Variant Detection“ Symposiums.
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Leiden Open Variation Database (LOVD)

Die LOVD  ist eine open source Datenbank, die strukturiert nach einzelnen Genen, die bislang bekannten Sequnzvarianten der Gene auflistet. Bei der Eingabe der Daten wird die Korrektheit der Angabe zu einzelnen Sequenzvarianten überprüft (Mutalyser sequence variant nomenclature checker), zusätzlich werden alle übermittelten Varianten von einem Kurator für das jeweilige Gen auf Plausibilität und Konformität vor der öffentlichen Freigabe überprüft. Eine medizinische Validierung unter Einbeziehung auch klinischer Daten erfolgt für wenige Gene. Ein Beispiel sind hier die Mismatch-Reparatur Gene für das HNPCC/Lynch-Syndrom. Hier erfolgt eine Kuration der Daten über das Variant Interpretation Committe (VIC), mit dem Ziel möglichst vielen Varianten eine eindeutige klinische Relevanz zuzuordnen.

Die LOVD ist eine wichtige Quelle für den diagnostisch tätigen Humangenetiker bei der täglichen Interpretation der im Labor erhobenen Daten aus der Sequenzanalyse für einzelne Patienten.

  • Das MGZ ist seit langem ein wichtiger „Submitter“ für Varianten in den LOVD Datenbanken (LOVD 2.0 und LOVD 3.0).

  • Das MGZ hilft aktiv bei der Pflege und Kuration der Daten, wir unterstützen Dritte um aktiv Daten zu teilen.

  • Das MGZ stellt Kuratoren u.a. für folgende Gene: TMEM114, ADAMTSL4, TMEM126A, OPA3, VSX1, ADAMTS10
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Europäisches Referenznetzwerk (ERN) für erbliche Krebserkrankungen (Genetic Tumour Risk Syndromes - GENTURIS)

Nach derzeitigen Schätzungen entstehen etwa 3 % aller Darmkrebserkrankungen im Rahmen eines erblichen Tumorsyndroms, für das in der Regel eine einzelne veränderte Erbanlage verantwortlich ist. Aufgrund der Seltenheit und mangelnden klinischen Erfahrung fehlen für viele dieser Syndrome nach wie vor klinische Versorgungsstandards. Dies betrifft sowohl die Identifizierung dieser Patienten als auch die klinische Versorgung und präventive Maßnahmen. Die Versorgung von Patienten mit der gleichen erblichen Erkrankung unterscheidet sich derzeit sowohl zwischen den verschiedenen europäischen Ländern, als auch zwischen verschiedenen Zentren in Deutschland.

Von der Europäischen Union wurden zum 1.3.2017 insgesamt 24 Europäische Referenz-Netzwerke (ERNs) für seltene Erkrankungen ins Leben gerufen. Wesentliches Ziel dieses Projektes ist es, das Wissen über diese Erkrankungen und wissenschaftliche Kapazitäten zu bündeln, um die bestmögliche Versorgung der Patienten auch grenzüberschreitend zu gewährleisten. Das MGZ München wurde aufgrund der hier vorhandenen Expertise in diesem Bereich als eines von drei deutschen Zentren in das Europäische Referenznetzwerk für erbliche Krebserkrankungen (Genetic Tumour Risk Syndromes - GENTURIS) aufgenommen. Frau Prof. Holinski-Feder fungiert zudem als nationale Koordinatorin.

Zu den Aufgaben dieses Netzwerkes gehört zum einen die Erstellung europaweiter Standards und Leitlinien für die Erkennung und Versorgung dieser Patienten, sowie die Erarbeitung von Lehr- und Informationsmaterialien zu diesen Erkrankungen. Dies erfolgt in enger Zusammenarbeit mit Patientenverbänden. Zum anderen haben die einzelnen Zentren auch den Auftrag, die Versorgung der Patienten mit erblichen Tumorsyndromen vor Ort zu strukturieren, zu dokumentieren und im Verlauf zu optimieren. Im Rahmen des GENTURIS-ERN sollen außerdem mehrere internationale Forschungsprojekte etabliert werden, die insbesondere die Suche nach neuen genetischen Ursachen bei bislang ungeklärten Fällen zur Aufgabe haben. Das MGZ beteiligt sich hierbei insbesondere an den Projekten zu erblichen Darmkrebserkrankungen.

Gerne möchten wir Sie auf die neueste Veröffentlichung "Boosting care and knowledge about hereditary cancer: European Reference Network on Genetic Tumour Risk Syndromes" aufmerksam machen.

Nähere Informationen zu der Veröffentlichung finden Sie hier.

 

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PALB2 tumor risk

Im Rahmen einer internationalen Initiative werden die klinischen Daten von Patientinnen mit einer PALB2 Mutation zusammengetragen um genauere Daten zum klinischen Phänotyp, respektive dem Tumorspektrum und dem Erkrankungsalter zu erhalten. Da dieses Tumorprädispositions-Syndrom sehr selten ist, wird man nur über diesen Weg valide Datensätze zur Risikoabschätzung erhalten können. Die Patientinnen müssen mit der Weitergabe ihrer klinischen Daten einverstanden sein, diese Punkte werden in der genetischen Beratung erörtert.

Diese Vorgehensweise wird sicherlich auf andere seltene Tumorprädispositions-Syndrome übertragen werden. Das Zentrum für familiäre Tumorerkrankungen hat die Ressourcen diese Kooperationen zu pflegen und die Dateneingabe durchzuführen.

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Gastric cancer

Etwa 1-3% aller Magenkarzinomerkrankungen sind genetische bedingt. Mutationen im CDH1-Gen verursachen das häufigste Tumorsyndrom, das hereditäre diffuse Magenkarzinom (hereditary diffuse gastric cancer, HDGC). Personen mit einer Keimbahnmutation im CDH1-Gen wird eine prophylaktische Gastrektomie (vorsorgliche Magenentfernung) empfohlen. Allerdings bleiben über 70% der Patienten mit Verdacht auf ein familiäres Magenkarzinom molekulargenetisch ungeklärt, und diesen Patienten wird eine intensivierte Vorsorge in Form von regelmäßigen Magenspiegelungen empfohlen.

Bei diesen Patienten liegen entweder CDH1-Defekte vor, die in der Routinediagnostik nicht erkannt werden, oder Mutationen in weiteren, neuen Magenkarzinom-Genen sind die Ursache.

In einem großen Kollektiv von Patienten mit Verdacht auf familiäres Magenkarzinom, aber ohne Nachweis einer CDH1-Mutation sollen durch molekulargenetische und bioinformatische Analysen weitere genetische Ursachen für die Tumorerkrankung untersucht werden. Dabei wird eine Analyse der gesamten CDH1-Genregion durchgeführt, um verborgene Defekte des Gens aufzuspüren. In einem zweiten Schritt sollen die weiterhin ungeklärten Patienten mittels NGS (Exom-Sequenzierung, Whole Exome Sequencing, Expressionsanalysen) auf Mutationen in neuen Genen untersucht werden.

Partner

Dr. rer. nat. Anna Benet-Pages, Anke Nissen MGZ München

Dr. Carla Oliveira, i3S, Universität von Porto, Portugal

Prof. Dr. Klaus Hallfeldt, Chirurgische Kliniken des Klinikums Innenstadt München

Prof. Stefan Aretz, Institut für Humangenetik, Universität Bonn